1、根据柱的厚度可分为普通填充柱和毛细管柱两种。
填充色谱柱：通常采用内径4-6毫米的不锈钢管组成螺旋柱，常用的柱长为2-4米。填充液体固定相（气液色谱）或固体固定相（气固色谱）。
毛细管色谱柱：柱管为毛细管，常用的为玻璃或弹性石英毛细管，内径0.1-0.5mm，柱长从几十米到几百米不等。
毛细管色谱柱按填充方式可分为开放毛细管柱和填充毛细管柱。
2、按分离机理可分为分配塔和吸附塔，主要区别在于固定相。
分配柱：一般将固定液（高沸点液体）涂覆在载体上，形成液体固定相，利用组分分配系数的差异实现分离。固定液的官能团通过化学键结合在载体表面，称为化学键相。其优点是无损失。
吸附柱：将吸附剂装入色谱柱中组成，利用各组分吸附系数的差异实现分离。除吸附剂外，固体固定相还包括分子筛和聚合物多孔微球。